Della nascita degli studi superiori a Camerino non si hanno purtroppo notizie documentali precise in quanto nel 1259 la città, e ovviamente la gran parte dei preziosi archivi esistenti, fu distrutta dalle armi di Manfredi.
Il grande letterato e giurista Cino da Pistoia, nella Marca negli anni 1319-21, e a Camerino nella primavera del 1321, in uno scritto ha ricordato la regione come caso straordinario di scuole giuridiche fiorite persino nei borghi.
Al fervore scolastico non era sfuggita Camerino, in contesa solo con Fermo per il primato regionale. Lo studio camerte, attivo almeno dal ‘200 con i corsi di diritto civile, diritto canonico, medicina e materie letterarie, fu il primo in regione ad essere elevato a Studio Generale. Il 20 settembre 1336 il nunzio apostolico Bertrando di Deaulx concede al comune di Camerino la facolta’ di nominare capitani delle arti, consiglieri, notai di curia e delle riformanze.
Il 29 gennaio 1377, Gregorio XI, accogliendo la richiesta di Gentile III da Varano, Signore di Camerino, spedì infatti al Comune e al Popolo una bolla con cui autorizzava a diplomare con autorità apostolica, dopo congruo esame, baccellieri e dottori.
Gli Statuti di Camerino del 1424 e del 1560 proposero per la Scuola una serie di norme articolate: preminenza assoluta del Collegio dei dottori su ogni altra corporazione, deroghe nelle leggi dirette a reprimere il lusso per i laureati, divieto di corrispondere ai docenti gratifiche in aggiunta al “salarium”, proibizione per loro di abbandonare l’insegnamento prima della scadenza del contratto, facoltà per i medesimi di avvalersi del processo sommario per chiedere ratei scaduti di stipendio, responsabilità sussidiaria del rappresentante del comune che ha stipulato l’ingaggio in caso di mancato pagamento da parte dell’ente.
Ma la “era nuova” dell’università di Camerino ebbe inizio con la bolla “Liberalium disciplinarum” del 15 luglio 1727 per mezzo della quale Benedetto XII rifondò la Universitas Studii Generalis con le facoltà di teologia, giurisprudenza, medicina e matematica. Pochi anni dopo, più precisamente il 13 aprile 1753, l’imperatore Francesco Stefano I di Asburgo Lorena estese la validità delle lauree camerti a tutto il territorio del Sacro Romano Impero e conferì al rettore il titolo di conte palatino.
Successivamente, passata la bufera del dominio Napoleonico durante il quale l’università rischiò di scomparire, Pio VII ne accordò il ripristino provvisorio con rescritto del 30 settembre 1816. La definitiva consacrazione dell’Ateneo fu però decretata il 28 agosto del 1824 dalla bolla “Quod Divina sapientia” emessa da Leone XII. Nel 1827 la bolla ebbe completa esecuzione e la fisionomia dell’Ateneo si definì del tutto. L’università di Camerino comprendeva una facoltà Teologica, una di Giurisprudenza ed una Filosofico Matematica e di Medicina e Chirurgia; in quest’ultima figuravano espressamente l’insegnamento della Chimica ed un corso specifico di Farmacia.
Nel 1861, all’atto dell’annessione al Regno d’Italia, l’università fu proclamata “libera” e rimase tale fino al 1958, quando divenne università Statale.